Αν και τόσο η ισοπροπανόλη όσο και η ισοπροπανόλη αιθανόλης αποτελούνται από άνθρακα, υδρογόνο και οξυγόνο, οι μοριακές τους δομές διαφέρουν. Η ισοπροπανόλη έχει μοριακό τύπο CH3CH2CH2OH, καθιστώντας την μια κορεσμένη οργανική ένωση τριών-ανθράκων, ενώ η ισοπροπανόλη αιθανόλης έχει μοριακό τύπο (CH3)2CHOH, καθιστώντας την οργανική ένωση που περιέχει ένα χειρόμορφο άτομο άνθρακα.
Τα σημεία βρασμού διαφέρουν: Η ισοπροπανόλη βράζει στους 97,2 βαθμούς, ενώ η αιθανόλη ισοπροπανόλη στους 82,4 βαθμούς. Σε θερμοκρασία δωματίου, η ισοπροπανόλη είναι ένα άχρωμο, διαφανές υγρό, ενώ η αιθανόλη είναι ένα ωχροκίτρινο υγρό.
Η διαλυτότητα διαφέρει: Λόγω των διαφορετικών μοριακών τους δομών, η ισοπροπανόλη και η αιθανόλη είναι διαφορετικά διαλυτά. Η ισοπροπανόλη έχει διαλυτότητα 10,6% (κατ' όγκο) στο νερό, ενώ η αιθανόλη ισοπροπανόλη έχει μεγαλύτερη διαλυτότητα, που φτάνει το 50% (κατ' όγκο).
Οξύτητα/Ισορροπία: Τόσο η ισοπροπανόλη όσο και η αιθανόλη είναι αλκοόλες, έχουν μέτρια οξύτητα και μπορούν να υποστούν αντιδράσεις που καταλύονται από βάση-.
